目前食管癌的病因雖尚未完全明瞭但近年來國內外對食管癌病因進行了多途徑探索從亞硝胺營養微量元素真菌及病毒遺傳等多方面多層次進行研究和探索獲得了很有意義的進展一般認為食管癌的發生可能是多種因素綜合作用的結果與發生食管癌的病因因素如下：
1、亞硝胺：亞硝胺類化合物是一類很強的致癌物， 在100多種亞硝胺中有十幾種引起多種動物食管癌。 在食管癌高發區發現居民膳食中攝入不同量的亞硝胺， 同時證明：從膳食中攝入亞硝胺的量一食管癌發病率成正相關。
2、黴菌：從高發區酸菜、窩窩頭、玉米麵中分出多種黴菌， 糧食黴菌污染率明顯高於低發區。 糧食中分離的冬青匍柄黴、互隔交鏈孢黴有致實變作用， 所產生的毒素可致染色體畸變。 黴菌與亞硝胺有協同致癌作用。
3、營養、維生素及微量元素：某些維生素及微量元素的缺乏為食管癌發病造成一定條件。 高發區食管炎、細胞不典型增生、重度增生較普遍， 與高發區攝入蛋白質、水果、蔬菜少有關。
4、遺傳因素：食管癌患者有明顯的家族聚集性。 在同一家族可在同一代或隔幾代內發生。 臨床醫生也注意到家族性明顯的患者具有症狀重、療效差、病程短的特點。
5、吸煙飲酒：吸煙量的增加及吸煙時間延長， 煙草中亞硝胺等致癌物在體內的積蓄也會增加， 發病的危險也隨之提高。 飲酒與吸煙協同致癌作用。
6、熱飲熱食：熱損傷可能是促進腫瘤的發生或成為腫瘤發生的一個條件。
7、酸菜：酸菜中亞硝酸鹽和亞硝酸含量較多， 酸菜中還測出致癌化合物苯並芘和其他多環芳烴化合物， 調查發現， 高發區居民食酸菜者較普遍， 食管癌的發病率與食酸菜量正相關。
