根據當地流行情況， 有無百日咳患者接觸史， 若患兒曾有發熱， 但熱退後咳嗽症狀反而加重， 特別在晚間咳嗽劇烈， 且無明顯肺部陽性體征， 應作為疑似診斷， 若有 明顯痙咳， 外周血計數白細胞及淋巴細胞分類均明顯增高則根據這些特點可作出百日咳臨床診斷， 加之細菌培養陽性或血清學免疫學， PCR檢查陽性可以確診百日 咳。
鑒別診斷
1、急性支氣管炎和肺炎 由乙型流感桿菌， 腺病毒， 呼吸道合胞病毒， 副流感病毒等引起的支氣管炎， 咳嗽較劇烈， 常有痙咳， 但劇烈咳嗽在起病數日內即出現， 痙咳後無雞鳴樣回聲，
2、支氣管淋巴結結核 腫大的淋巴結壓迫支氣管， 或侵蝕支氣管壁， 可引起痙攣性咳嗽， 但無雞鳴樣回聲， 可根據結核病中毒症狀， 結核菌素試驗， 肺部X線改變等作出診斷。
3、氣管支氣管異物 可突然發生陣發性痙咳， 有異物吸入史， 白細胞不增高， X線可見節段性肺不張， 作支氣管鏡檢查可發現異物。
4、百日咳綜合征 在普遍進行百日咳預防免疫的人群中， 仍可有散發的“百日咳”病例出現， 常分離出腺病毒， 其他呼吸道病毒， 肺炎支原體和副百日咳桿菌等， 而無百日咳桿菌，
