本病應與其他結締組織病， 細菌或病毒感染性疾病， 組織細胞增生症Ｘ， 惡性網狀內皮細胞增多症， 血小板減少症， 溶血性貧血， 各種類型的腎臟病， 肝炎， 心肌-心包炎， 神經系統疾病相鑒別。 尤須與類狼瘡綜合征、新生兒紅斑狼瘡綜合征鑒別。
類狼瘡綜合征 其中最常見者為藥物引起的系統性紅斑狼瘡。 本綜合征可見類似ＳＬＥ的一些症狀、體征， 及實驗室檢查結果， 有時難以區別。 以下一些情況有助於鑒別：服用有關藥物史， 性別差異不明顯， 臨床症狀輕， 內臟受累， 腎臟病變， 蝶形紅斑、口腔潰瘍、脫髮， 以及白細胞、血小板減少，
新生兒紅斑狼瘡綜合征 本病見於６個月以下嬰兒。 患兒母親中多數患ＳＬＥ或其他結締組織病， 血清中存在ＲＯ抗原（乾燥綜合征Ａ抗原）及La抗原（乾燥綜合征Ｂ抗原）。 患兒生後即有症狀， 主要表現為先天性傳導阻滯、狼瘡樣皮炎、自身溶血性貧血， 體內ＲＯ及La抗原陽性。 此外， 常伴先天性心臟病， 各種缺損及心內膜彈力纖維增生症， 白細胞及血小板減少。 皮損的典型表現為鱗屑狀和環形紅斑， 見於暴露部， 即頭頂、頸及眼瞼處， 似為盤狀紅斑。 本病為自限性疾病， 血液異常多在６周內好轉，
