據調查研究顯示， 約60%急性丙型肝炎只要合理應用長效干擾素加上利巴韋林， 都可以治癒。 而部分急性丙型肝炎會轉變為慢性肝炎。 當病毒長期持續感染時， 可引起肝細胞的實質性損傷。 反復的炎症、損傷、壞死、修復則會導致肝臟纖維化， 進而發生肝硬化、肝癌。
合併肝硬化增加難治性
肝硬化由於合併肝腹水、腹膜炎、上消化道出血、肝昏迷和肝腎綜合征， 加大了其治療難度。 需要對患者進行抽腹水、透析、止血、抗感染和口服或鼻飼左旋多巴等治療。
合併用藥增加難治性
治療期間， 由於應用多種藥物，
肝移植的選擇面臨難題
肝移植是肝癌患者康復的唯一希望， 但由於存在難以控制的感染和腎功能損害， 以及合併肝性腦病引起的精神症狀， 使得手術難以進行。
繼發異常免疫反應增加難治性
除了肝硬化、肝癌外， 慢性丙型肝炎也會引起機體免疫反應的異常， 如類風濕性關節炎、乾燥性結膜角膜炎、扁平苔蘚、腎小球腎炎、混合型冷球蛋白血症、B細胞淋巴瘤和遲發性皮膚卟啉症等。 通常需要使用糖皮質激素治療上述疾病， 而糖皮質激素的禁忌證包括抗生素難以控制的感染以及腎功能不全。 所以考慮到這些， 就不能常規地使用糖皮質激素治療，
