慢性腹瀉的原因非常複雜， 不一定由腸道炎症引起。 其他一些疾病的早期表現不典型， 有時可只表現為慢性腹瀉。 例如：
1．糖尿病：糖尿病引起的腹瀉與其導致的胃腸道植物神經病變有關。 腹瀉呈頑固性、間歇性， 發作時間可為幾天至幾周；間歇期可為數周至數月， 腹瀉晝夜均可發生， 約5%的腹瀉病人同時有脂肪瀉。
2．甲亢：甲狀腺機能亢進症患者由於腸道蠕動快， 消化吸收不良而出現大便頻繁甚至腹瀉， 大便一般呈糊狀， 含較多未消化食物。
3．肝癌：以腹瀉為首發症狀的肝癌並不少見。 肝癌患者的肝臟解毒功能下降，
4．大腸癌：大腸癌多數發生在中年以後， 位於左側結腸者常為環狀生長， 伴有排便習慣改變。 當腫瘤有糜爛、潰瘍、壞死時， 可表現為腹瀉、血便和裡急後重， 尤其是腫瘤位於直腸者， 主要表現為血便、排便次數增多、排便不暢和裡急後重。
5．克隆病：又稱節段性腸炎， 發病年齡主要在20—40歲， 起病緩慢， 以腹痛、腹瀉開始， 逐漸加重， 大便稀或水樣， 常無膿血。 病變腸段的炎症、蠕動增加及繼發腸道吸收不良是引起腹瀉的主要原因。 多為間歇性發作， 病程後期呈持續性。
6．潰瘍性結腸炎：女性多於男性， 起病可急可緩， 症狀輕重不等， 腹瀉系在炎症刺激下， 腸蠕動增加及腸腔內水、鈉吸收障礙所致。 輕者每日排便3－4次， 或腹瀉與便秘交替；重者排便次數頻繁， 糞便多為糊狀， 混有黏液、膿血。
本病可有結節性紅斑、虹膜睫狀體炎、關節炎等腸道外表現。 引起慢性腹瀉的原因還有很多， 如腸結核、腸道真菌感染、慢性細菌性痢疾、藥物等。 出現腹瀉時， 如果原發疾病的表現較為典型， 則比較容易診斷；如果原發疾病的表現不典型， 就比較容易誤診， 有時誤診會長達數月或數年。
因此， 出現慢性腹瀉不可掉以輕心， 應當進行認真的檢查， 只有查清病因， 才能得到正確的治療。 反之， 僅對慢性腹瀉給以對症治療，
