避孕丸具有的避孕功效雖屬可靠， 有些婦女對服食避孕丸仍有較大的顧慮。
有些在服藥期間會有許多不舒適的感覺與併發症。 即使在停止服藥後， 尚需使用其他避孕方法， 繼續避孕一個時期後才能懷孕， 否則的話， 尚有引致嬰兒的後患。
澳洲的新南威爾斯大學的婦產科醫生們將一千名誕生雙胞胎的產婦， 加以分析統計， 發現停服避孕丸後六個月內懷孕者較多。 未服避孕丸而懷雙胞胎者占少數。 服藥產婦的雙胞胎中， 誕生畸形兒的比例數較大， 尤以停藥三個月以內者為最多。
停藥以後的懷孕是生理現象，
由於有人以為服藥已久， 停藥於在短期內是不會懷孕的， 所以沒有繼續避孕。 停藥懷孕這件事並不可怕， 可怕的是誕下的嬰兒有畸形。
避孕丸是兩種女性荷爾蒙組成的， 服藥期間荷爾蒙對卵巢中的卵子已經產生了刺激作用， 這就是停藥後， 在短期內懷孕而誕生畸形兒的由來。 若在停止服用避孕丸後， 經過三次排卵， 新的卵子未曾受過避孕丸的刺激而懷孕， 就不會有畸形與怪胎的產生。 因此聰明的婦女在停服避孕丸後， 至少再避孕三個月以後再懷孕， 才是安全之策。
這種短期的避孕法最理想的是外用法， 即男用的避孕套， 或女用的子宮帽較實際而無副作用，
