重症肌無力一般為慢性病程, 具有緩解和復發的傾向, 不同病人的病程可能有很大的不同, 眼肌型病人可在20~30年內不出現其它肌肉受累的症狀。 延髓肌和呼吸肌受累的病人預後較差, 但也可顯著緩解並持續數年之久。 以急性暴發性起病者可在數周或數月內死亡。
病程末期, 病員常臥床不起, 明顯消瘦。 文獻報告重症肌無力死亡率為5.7%, 肌無力危象病死率為15, 4~50%, 起病第一年殘廢率最高, 反復感染, 呼吸肌麻痹, 激素治療不當, 以及合併心肌損害突發心跳停止等均為死亡原因。
一般說來, 以眼肌無力作為首發症狀者,