(一)攝入不足：核黃素存在於奶類， 肉， 蛋， 豆類， 穀類， 根莖與綠葉蔬菜中。 一般成人每日需求量男性為1．4～1．7mg， 女性1．2～1．3mg， 孕婦與乳母需求量增加， 運動量增強， 能量消耗多時， 需求量亦隨之加大。 如攝入動物性蛋白質與新鮮綠葉蔬菜不足， 可致維生素B2營養不良。 核黃素對光敏感， 在紫外線照射下可迅速導致不可逆的分介破壞。 故瓶裝牛奶等食品避光可保存維生素B2的生物活性。 光線療法治療高膽紅素血症的新生嬰兒時， 可導致部分核黃素介體。 此外， 核黃素為水溶性維生素， 可因洗淘過度或隨菜湯流失。
(二)吸收障礙：核黃素是以游離維生素形式， 在小腸近端吸收。 某些疾病如嚴重慢性腹瀉， 小腸病變大部手術切除者， 可致核黃素吸收不良。 此外， 嗜酒者也因腸道吸收減少與生物利用度降低致維生素B2不足。
(三)藥物與金屬影響：某些影響精神的藥物， 如氯丙嗪、丙咪嗪， 阿米替林；抗腫瘤藥物如阿黴素， 與各種抗瘧疾藥物， 經動物實驗證實能減低或抑制了黃激酶活性， 從而使維生素B2轉變為其具有活性的輔酶衍生物FMN與FAD發生障礙。 氯丙嗪治療可大大加速維生素B2缺乏的進展。 許多金屬及其他物質， 如銅， 鋅， 鐵糖， 色氨酸， 維生素C，
(四)激素失調：甲狀腺素與腎上腺素可調節核黃素轉變為FMN與FAD以及核黃素的共價結合。 甲狀腺功能減低時， T3對黃激酶的正性調節作用降低， 使該酶催化核黃素轉變為FMN的活性下降。
(五)排泄增加：核黃素是以游離形式從尿中排泄。 尿中測得的核黃素代謝物包括7-羥甲基核黃素， 8-α-磺醯核黃素及少量其他物質。 維生素B2攝入量與組織儲存量是尿核黃素排泄的主要影響因素。 當負氮平衡的情況下， 包括糖尿病， 停用胰島素後， 或者在用某些藥後， 如硼酸(boric acid)， 或長期服用硫胺素製劑， 也可出現核黃素排泄增加的現象。 在高熱， 禁食等情況下， 也可使排泄量反應性升高。
