顧名思義， 腸病性關節炎的基本病變在腸道， 因此大部分病人都有炎症性腸病的臨床表現， 包括腹痛、腹瀉、黏液、膿血便等消化道症狀， 以及發熱、消瘦等全身表現。
大多數病人的腸道症狀發生在關節病變之前或兩者同時發生， 有的病人則關節病變發生於腸道病變前幾年。 約17%—20%腸病性關節炎病人發生周圍性關節炎， 表現為少數關節、非對稱性、一過性和遊走性， 以及復發和消退交替出現。 大關節和下肢關節受累此小關節和上肢關節受累多見。 臘腸指(趾)， 肌腱端病， 尤其跟腱炎和蹠底筋膜炎均可見。
據報導， 約20%酌腸病性關節炎病人發生脊柱炎及骶髂關節炎。 主要表現為腰背、胸、頸或臀部疼痛， 腰和頸部運動受限及擴胸度減少。 其病變的病程和腸病病程不平行。 腸病手術治療並不影響脊柱炎和骶髂關節炎的病程。 HLA-B27(人類白細胞抗原-B27)陽性率占50%-60%。
此外， 部分炎性腸病病人還可出現結節性紅斑、網狀青斑、血栓性靜脈炎和小腿潰瘍等皮膚、黏膜、漿膜和眼部等病變。
腸病是腸病性關節炎的基礎， 治療時理所當然地應首先控制腸病。 非甾體類抗炎藥消炎痛、怡美力、樂松、莫比可等可改善關節症狀， 但要注意藥物對已有病變腸道的副作用。 柳氮磺毗啶對潰瘍性結腸炎、周圍性關節炎及脊柱炎都有治療作用，
