1、病理檢查和細菌培養
可幫助診斷和指導治療。
2、從病史上判斷內口的位置
如有多個外口， 首先應瞭解到哪一個外口是先發生的。 往往從第一個外口用探針探查， 可以通過主管而找到內口。
3、碘油造影
從肛竇外口注入30%～40%碘油或12.5%碘化鈉溶液， 然後攝片。 可見瘺管深淺分支與鄰近器官的關係。 此法多用於高位複雜性肛瘺， 一般肛瘺不作為常規檢查。
4、肛門鏡檢查
用雙葉肛門鏡張開肛門， 可見內口所在肛竇紅腫、發炎、變深， 用鉤狀探針輕輕探查， 不難找到內口。
5、根據外口與肛門的距離來判斷內口的部位
經過肛門中部畫一橫線， 如外口在橫線之上， 離肛門不超過5cm， 其內口在肛門齒線上與外口相互對應;如外口距離肛門超過5cm或外口在此線之後， 這些瘺管多數是向後彎曲的， 內口常在肛管後中線上。
6、染色檢查
本法尋找內口準確， 臨床上有重要價值。
具體方法是：
先將鹽水紗條放入直腸， 再用1%雙氧水加龍膽紫液， 或用1%亞甲藍溶液， 從瘺管外口注入， 觀察內口有無染色液流出， 跟據紗布染色的位置， 即可判斷內口位置。 如紗布條無染色， 也不能肯定無內口。 管道彎曲， 受括約肌收縮影響。 被膿液阻塞， 或內口暫時閉合， 使染色溶液不能通過內口， 無法染色於紗布。 手術時應加以注意。
7、探針檢查
主要探明瘺管走行方向、深淺和內口的位置。
8、通過觸診可以幫助瞭解內口的位置
肛門周圍膿腫破潰或切開排膿後， 大約經過2～3個月形成瘺管管壁。 如果瘺管位於表淺部位， 通過觸診可以觸到條索走行， 順著向肛門走行的條索， 可以發現內口的部位。 如果在肛門外觸診沒有觸到條索， 常常說明瘺管管道較深， 可通過肛門內指診， 在肛管直腸環的部位可以觸到病變的較大瘢痕或條索狀瘢痕， 在瘢痕部位的隱窩處。 常為內口部位。
