功能性消化不良主要表現為上腹痛,腹脹,早飽（即少進食即有飽感,以致進食明顯減少）,噯氣,食欲不振,噁心,嘔吐等症狀,有的以一種症狀為主,有的是一組症狀,但胃鏡,上消化道造影,B超及各種化驗卻無明顯異常,病情常經年累月,呈持續性或反復發作.本病屬功能性胃腸病,治療上主要採取對症治療。
在中醫的理論上講就是脾胃虛弱， 可以用中藥治療， 每天一幅， 兩個星期， 就會得到好的效果。 藥用：黨參30克、砂仁10克、乾薑10克、山藥30克、白術10克、焦三仙各30克， 雞內金20克、吳茱萸5克水煎服， 日一劑， 分別二次早晚服。
根據病理西醫常用的藥物有以下幾種：
（1）抑制胃酸分泌藥,一般適用於以上腹痛為主要症狀的患者,可選擇：（1）H2受體拮抗劑,常用的有西咪替丁,雷尼替丁,法莫替丁等;（2）質子泵抑制劑,此類藥抑制胃酸程度和時間都優於H2受體拮抗劑,如奧美拉唑 （洛賽克）每日20－40毫克,有明顯療效,也可選用蘭索拉唑,潘托拉唑等.
（2）促胃動力藥,適用於以腹脹,早飽,噯氣為主要症狀的患者,可用嗎丁啉10毫克,一日3次,或西沙必利5－10毫克,一日3次,餐前15－30分鐘服用,療程2－8周.少數人服西沙必利後有腸鳴,腹瀉等副作用,減少劑量或使用一段時間後,副作用可減輕或消失.
（3）抗幽門螺桿菌治療,適用於有幽門螺桿菌感染的患者,有效的抗生素有克拉黴素（每日0.5－1.0克）,阿莫西林（每日1.0－2.0克）,甲硝唑（每日800毫克）,可單獨或聯合應用,還可配合膠體鉍劑,如枸櫞酸鉍鉀,硫糖鋁等.
（4）抗抑鬱藥,不少患者伴有失眠,焦慮,抑鬱,頭痛,注意力不集中等精神症狀,輕者可通過心理治療,消除顧慮,精神症狀明顯者可試用三環類抗抑鬱藥如阿米替林,或氟西汀等,宜從小劑量開始.失眠者可適當服用鎮靜藥
另根據多年臨床經驗建議：患者應每天進行適量運動， 運動量逐漸加大， 同時可以應用補益脾胃的中藥輔助治療（應用時無比加入具有行氣作用藥物）也可以應用雞內金片、健胃消食片等經濟實惠的成藥， 特別注意：運動是非常必要前提！
