下丘腦-垂體-卵巢軸功能失調是繼發性閉經的常見原因， 下丘腦-垂體-卵巢軸的任何環節功能失調將會導致各種激素的分泌及相互調節異常， 抑制垂體及卵巢雌、孕激素的形成， 導致內分泌紊亂， 引發閉經。 引起下丘腦-垂體-卵巢軸功能失調的原因有：
精神因素
精神緊張、恐懼憂慮、生活環境改變等都可引起中樞神經系統與下丘腦功能失調， 特別是青年女性， 卵巢功能尚健全者， 更易出現閉經。 這類閉經一般不需要治療， 通過心理疏導能自然恢復。
營養不良
全身消耗性疾病如胃腸功能紊亂、重度結核及嚴重貧血等都可影響下丘腦及垂體激素的合成和分泌，
藥物因素
少數女性在停服口服避孕藥或長效避孕針後出現閉經， 這是由於避孕藥對下丘腦-垂體-卵巢軸發生持續抑制作用， 引起過度抑制綜合征;原有月經失調或排卵稀少的女性， 或在流產或足月產後過早服用避孕藥者容易發生閉經;鎮靜劑在正常劑量範圍內也可影響丘腦下部的功能而引起閉經， 一般停藥後能自然恢復月經。
