抗卵巢抗體：在六、七十年代已發現卵巢存在特殊抗原， 近年來報導抗卵巢自身免疫可影響卵巢的正常發育和功能。 可導致卵巢衰竭或卵泡成熟前閉鎖而導致不孕。 有卵巢抗體的女性卵泡發育很不正常， 要麼卵泡長不到受孕的優勢， 要麼長到受孕優勢又不能自然排出， 有些人還過早的出現了卵巢早衰現象， 使很多育齡婦女終生難以發育出成熟的卵泡， 而導致原發性不孕和繼發性不孕。
抗子宮內膜抗體：子宮內膜是胚胎著床和生長發育之地， 但在病理狀態下， 如子宮內膜炎、子宮內膜異位症及子宮腺肌症等，
抗人絨毛促性腺激素抗體：人絨毛膜促性腺激素（hCG）是維持早期妊娠的主要激素。 但是有自然流產史、人工流產史及生化妊娠史的女性， 在流產過程中， 絨毛組織中的hCG可能作為抗原刺激母體產生抗體。 另外曾接受過hCG注射， 以促進排卵的女性， 體內的抗hCG抗體也有可能為陽性。 此類患者可能在臨床上表現為不孕或習慣性流產等。
抗精子抗體：男女體內都可能存在抗精子抗體。 在精液內， 存在著多種抗原。 這些抗原在女性生殖道中， 可經宮頸上皮吸收後產生免疫反應， 在女方血液和生殖道局部產生抗精子抗體。 這種抗體可影響精子的運行， 導致不孕。 正常情況下， 男性體內不會產生自身的抗精子抗體。 但當男性輸精管發生炎症或某些病變時， 精子抗原有可能滲透到外周組織中去， 使自身產生抗精子抗體。
