（一）感染因素 自60年代以來許多學者對本病與微生物的關係進行了研究。 Thyreason等在病損上皮細胞內發現類似病毒的核內小體， 曾認為是致病病毒， 但電鏡觀察， 表明這種核內小體是病損區細胞核膜的橫切面， 系上皮細胞內非特異性結構， 並非病毒顆粒。
（二）精神神經因素 患者因環境、家庭、工作， 個人生活等各方面原因， 身心活動受影響， 精神受到創傷， 緊張、焦慮、憂鬱等， 使機體發生心理、病理、生化代謝等一系列變化、產生失調紊亂而致病。
（三）內分泌因素 本病女性患者較多， 病情波動與妊娠、更年期以及一些影響內分泌功能的藥物有關。
（四）微量元素 扁平苔蘚患者血清鋅多正常， 補鋅治療也未取得明顯效果， 故有人認為扁平苔蘚不全形化為非本質的繼發性的變化。 錳對維護線粒體功能有著重要作用， 並與它的形成有關。
（五）系統性疾病因素扁平苔蘚患者多伴有各種不同的全身性疾病或症狀， 不少患者發病及病情發展與某些系統疾病存在有關， 如糖尿病、高血壓消化道功能紊亂等。
（六）局部刺激因素 不同金屬修復體在口內形成電位差。 另外， 充填物的刺激等， 可引起口腔粘膜苔蘚樣改變。 有報導銀汞充填體引起苔蘚樣病損， 少數患者也可能對銅、鋅、銀等產生變態反應。 這些可能為遲發性超敏反應（Ⅳ型變態反應）接觸性變態可能為游離汞進入粘膜後成為抗原而引起局部反應。
（七）遺傳因素 有人發現本病有家族史傾向， 不少學者進行了家系發病研究， 但系譜分析不符合單基因遺傳規律。 現多從HLA（人類白細胞抗原）方面進行研究。 在家族性扁平苔蘚患者所攜帶的HLA型基因， 明顯高於非家族性扁平苔蘚的對照組， 說明扁平苔蘚發病可能與遺傳因素有關。
（八）免疫學因素 目前仍不完全清楚。 根據本病病情波動、反復及在上皮下固有層有炎症細胞浸潤， 主要為來自T淋巴細胞的浸潤帶， 因而考慮與免疫因素有關， 並證明這些細胞不是局部增生的結果， 而是來自血液， 現多認為扁平苔蘚為免疫功能低下，
