牙周手術後的組織癒合基本上可分為兩大類， 即軟組織創口的癒合和骨的癒合。
軟組織創口的癒合：
①牙齦切除後傷口表面立即形成保護性血凝塊。 數小時後血塊下的結締組織開始生長肉芽組織9～13小時後， 傷口周圍的上皮細胞開始移動， 從血塊和結締組織之間向傷口中央移行。 1～2天時， 開始有小血管形成， 2～5天時上皮以每天向牙面0.5mm速度生長， 直到薄層上皮完全覆蓋創面， 但角化則需2～3周。
創面的結締組織再生略慢于上皮， 約5～7天時形成新的游離齦， 此後上皮好開始向齦溝內生長， 約在術後4～5周， 形成新的結合上皮與牙面結合。
②翻瓣術後的癒合。 翻瓣術後24小時內， 齦瓣與骨面之間由血凝塊連接， 術後1～3天， 上皮移行至齦瓣邊緣並達到牙面。 術後1周， 上皮已可附著於牙根面， 瓣下的血凝塊已被來自結締組織、骨髓腔及牙周膜的肉芽組織所替代。 術後2周， 膠原纖維開始形成， 並與牙面平行。 術後3～4周， 上皮和結締組織的重建均已完成， 齦溝內正常上皮襯裡， 結合上皮形成， 齒槽脊頂纖維也已呈功能性排列。
③齦下潔治、根面平整、袋內壁刮除後的癒合。 手術將病理性肉芽全部刮去， 新生的肉芽組織在早期即形成， 並且逐漸成熟而變成結締組織。
④切除性新附著術後的組織癒合。 與齦下刮治術（根面平整術）相似。
骨組織創傷的癒合：
手術後牙槽骨的癒合過程取決於手術時骨的暴露程度， 是否作骨成形， 術後骨面是否嚴密覆蓋等因素。 全厚瓣手術時骨面暴露， 術後1～3日時骨面有表淺的壞死， 隨後有破骨細胞性吸收， 在術後4～6天達高峰， 然後逐漸減輕， 導致約0.5～1mm的骨吸收。 此後可有修復， 在術後3～4周達高峰。 在進行骨成形或術後齦瓣未能嚴密覆蓋骨面者， 骨的壞死和炎症較重， 骨脊高度降低， 修復過程可長達72天。 在骨膜瓣較厚時， 半厚瓣的癒合過程可能比全厚瓣縮短。
