關於扁平苔蘚癌變問題自1910年Hallopean第一次報告癌變病例以後, 討論逐漸增多。 Pindborg認為其屬於癌前狀態, 癌變年齡多在中年以上, 糜爛潰瘍病損易發生癌變, 在斑塊和萎縮性病損中也可見到。 癌變原因多認為與長期刺激有關, 如煙、酒、念珠菌感染等。 癌變率各學者報告很不一致, 由0.4%一12.3%。
很多學者對扁平苔蘚為癌前損害的結論尚有異議。 有人提出原診斷扁平苔蘚病理學根據不足, 因癌腫發生在遠離扁平苔蘚部位。 多數學者意見是扁平苔蘚大多處於良性過程, 應對長期糜爛、潰瘍、斑塊型扁平苔蘚進行追蹤,
扁平苔蘚預後一般良好。 可呈持續反復發作過程, 病損可長期穩定於某個病變階段, 亦可逐漸自行緩解或起伏波動, 甚至擴大蔓延加重。