目前治療尖銳濕疣的多為口服藥物， 主要包括西藥和中藥兩類。 但是， 治療尖銳濕疣的藥物比較多， 而患者缺無法確定到底哪種藥物比較好。 其實尖銳濕疣吃藥治療效果是微乎其微， 基本上用處不大。 這是因為尖銳濕疣的病毒並不在體內， 是在皮膚的表皮層和真皮層之間。
1)西藥：西藥的特點是起效快， 可以輕微的緩解不適症狀。 以往尖銳濕疣診療醫生常開一些諸如：阿普洛韋、更昔洛韋、干擾素和白介素之類的口服激素西藥， 作為輔助治療。 光吃這些藥物不能治癒尖銳濕疣， 停藥即復發， 而且對肝腎損害大。
2)中藥：中藥的特點是副作用小， 諸如一些清熱解毒的中成藥或草藥， 一定程度上可以緩解症狀， 但是療效慢、藥性不穩定、提純度底、治療時間長， 只能起到緩解或改善作用， 不能從根本上消除尖銳濕疣病毒體， 因此， 臨床專家常不建議採用。
很多臨床專家甚至明確的告訴患者， 尖銳濕疣光靠吃藥是沒有用的。 尖銳濕疣病毒體抗藥性極強、復發率特別高， 臨床治癒的兩大關鍵點：一是除疣體二是防復發， 主要是防復發。 很多不適當的藥物治療甚至會加快疣體復發率， 因此， 選擇科學正規的療法是關鍵。
