如果懷疑自己已經染上了灰指甲， 但是反復進行直接鏡檢法和培養法均為陰性時， 可以採用甲標本的組織病理學檢查， 提高診斷率。 另外， 有時真菌僅附著於甲床上， 沒有侵入性的， 而培養時可為陽性， 但有可能實際上是假陽性， 用組織病理學檢查就可以瞭解真菌是否真的有致病性。
1.PAS染色法
採用不累及甲床的方法獲取甲標本， 如用鑷子或者甲鉗子獲得部分病甲或全部病甲甲板。 然後將標本置於4%的福馬林溶液內， 然後置於含氯化汞、硝酸、鉻酸、95%乙醇及水的溶液中浸泡2天進行軟化， 分別在70%乙醇、95%乙醇、二甲苯液中洗3小時，
2.電子顯微鏡觀察
本方法目前不作為灰指甲檢查的常規方法， 對於臨床上認為是灰指甲， 但是採用常規方法未能檢測出真菌的， 可以使用電子顯微鏡觀察。 結果顯示電子顯微鏡可以大大地提高甲真菌病的診斷率， 還可以觀察真菌的侵襲情況。
