1.食管炎及食管上皮細胞重度增生：有學者認為食管上皮細胞重度增生是食管癌的癌前期病變。 這類患者常有類似早期食管癌的症狀， X線檢查常無異常發現， 可以通過食管拉網細胞學檢查， 內鏡染色及內鏡超聲檢查進行鑒別， 但常需定期複查。
2.食管功能失常：如食管痙攣、神經性吞咽困難、食管賁門失弛緩症等， 尤其是賁門失弛緩症有時可伴有賁門部腺癌， 患者表現為吞咽困難， X線片上表現食管體部無收縮和蠕動、食管黏膜光滑、賁門部呈“鳥嘴”樣狹窄， 其發作常為間歇性， 病程較長， 症狀進展緩慢。
3.食管外壓性改變：食管鄰近的血管先天性異常、主動脈瘤、胸內甲狀腺、縱隔腫瘤、縱隔淋巴結腫大、主動脈弓纖曲延長等， 患者雖有吞咽困難， 但食管黏膜完好， 仔細檢查不難與食管癌相鑒別。
4.食管良性狹窄和食管憩室：食管良性狹窄多為化學性灼傷的後遺症， 也可能是食管炎所引起的瘢痕狹窄。
5.食管良性腫瘤：食管良性腫瘤以平滑肌瘤最常見， 可發生於食管的任何部位， 多見於下段食管， 中段次之， 上段最少。 由於它是黏膜外腫瘤， 發展緩慢， 病程較長， 症狀較輕， 有時可無自覺症狀。 X線片上可見一光滑的半月形充盈缺損， 結膜完整， 鋇劑通過順利， 腫瘤上端食管無擴張。 內鏡檢查可見食管腔內有隆起性腫物， 表面黏膜有色澤改變，
6.其他惡性腫瘤：如癌肉瘤、肉瘤、惡性淋巴瘤、惡性黑色素瘤、雀麥細胞癌等， 其臨床表現、X線檢查所見及內鏡檢查所見極似食管癌， 最後診斷均需經組織病理學診斷證實。
