由於生殖系統的自身免疫或同種免疫所引起的不孕稱免疫性不孕不育。 如精子、精漿、卵子透明帶及卵巢內產生甾體激素的細胞均為特異性抗原, 可引起免疫反應而產生相應的抗體, 阻礙精子與卵子結合及著床而致不孕。
精子免疫。 可分為精子自身免疫和精子對女子產生的同種免疫, 在正常情況下, 雖精子具有抗原作用, 但自身並不產生抗精子抗體。 在輸精管結紮、睾丸損傷等異常情況下精子外溢時, 則可產生抗精子抗體。 精子對女子產生同種免疫而致不孕的機理, 一般認為是通過生殖道局部免疫的途徑。
卵透明帶反應。 卵透明帶是特異性抗原, 而血清中存在有特異的透明帶自身抗體, 它與透明帶起反應後, 可防止精子附著及穿透卵子而阻止受精, 或防止受精卵從透明帶逸出而阻斷著床, 引起不孕。
很多原因不明的不孕婦女實屬免疫性不孕, 生殖道感染、損傷、手術以及促排卵藥的應用等都可釋放卵巢抗原或使其表達異常,