對於孕婦來說， 孕期服用藥物可能會影響胎兒正常的生長發育， 導致先天畸形和腦癱的發生。 因此孕婦的用藥應慎重， 根據病情需要， 在專業醫師的指導下合理選擇用藥， 避免腦癱兒的產生。
感染性疾病是孕婦在孕期最長發生的疾病， 如上呼吸道感染、支氣管炎、泌尿系感染、急性胃腸炎等。 根據炎症的類型和嚴重程度可能需要應用抗生素治療， 大多數抗生素類藥物因抑制細菌的增殖， 都可能對胎兒的生長發育造成影響。 喹諾酮類抗生素可能嚴重阻礙胎兒的腦神經系統發育， 而使患兒產生腦癱。
激素類藥物可能引起胎兒臟器組織發育異常， 雌性激素可引起腦積水、腦膜膨出等畸形， 而導致腦癱， 糖皮質激素可能導致胎兒腦畸形。 因此， 在孕期這些藥物都應慎重使用， 如必須應用時， 應有專業醫生給予指導。
一些治療疾病的藥物， 包括治療甲狀腺功能亢進的藥物、抗癲癇藥物、抗凝藥物、麻醉藥物、或過量使用維生素A或D都可能導致胎兒腦神經系統發育障礙， 引發腦癱。
