對於胃間質瘤往往分為良性和惡性， 不過一些人最為害怕的還是其發生病變， 一些人對與間質瘤並沒有什麼概念， 所以對於一些良性和惡性的標準也相對不清晰， 以下我們就來說一下。
臨床判定GISTs的良惡性十分困難。 對於這方面的文獻各家道不一， 評價的標準也不一致。 Lewin等指出影響GISTs的生物學行為的因素包括：有無鄰近組織的侵犯及遠處轉移， 有無黏膜的侵犯， 核分裂數， 瘤體的大小， 腫瘤細胞密集程度， 細胞分裂數， 有無出血壞死等。 其中， 腫瘤的大小和核分裂象被認為是判定GISTs生物學行為最有價值的指標。
Emory等提出將GISTs分為良性， 潛在惡性， 惡性， 具體如下：惡性指標有：①腫瘤具有浸潤性;②腫瘤出現遠近臟器的轉移。 潛在惡性指標有：①胃間質瘤直徑5cm， 腸間質瘤直徑4cm;②胃間質瘤核分裂象5個/50HPF， 腸間質瘤核分裂象≥1個/50HPF;③腫瘤出現壞死;④腫瘤細胞有明顯異型性;⑤腫瘤細胞生長活躍， 排列密集。
當腫瘤具備一項惡性指標或兩項及以上潛在惡性指標時， 則為惡性GISTs;僅有一項潛在惡性指標時， 則為交界性GISTs， 否則為良性GIST。 但是有道指出即使是良性的腫瘤， 在10年或20年後也出現了惡性轉化。 因此， 目前學術界傾向於廢除良惡性標準。
