射頻熱凝療法是利用高溫作用於神經節、神經幹和神經根等部位， 使蛋白質凝固變性， 從而阻斷神經衝動的傳導。 目前， 該方法已廣泛用於三叉神經痛的臨床治療， 操作方便， 鎮痛效果良好， 不足之處是復發率較高， 同時可能會產生以下併發症。
1、術中疼痛
射頻熱凝療法多在局麻下進行， 患者在治療過程中會體驗到一定的痛苦， 因此術前必須跟患者講清楚， 以取得理解和配合。
2、顱內出血
半月神經節內側鄰近海綿竇和頸內動脈， 穿刺不慎或進入卵圓孔過深易損傷而出血， 嚴重者可引起顱內出血。
3、面部感覺障礙
超過九成的患者術後會遺留不同程度的面部感覺障礙， 如麻木感、燒灼感等， 患者術前應充分瞭解這些可能的副作用。 少部分患者還可能會因為顱神經損害， 而發生輕度面癱。
4、顱內感染
穿刺過程中， 如果穿刺針穿破頰黏膜， 可能會將口腔中的細菌帶入顱內， 導致顱內感染， 嚴格無菌操作可起到一定的預防作用。
5、帶狀皰疹
部分患者在術後數日內， 患區會發生帶狀皰疹， 其機理尚不清楚， 局部外塗藥物可緩解。
6、角膜炎
輕症患者可能表現為角膜反射消失， 嚴重者可引起麻痹性角膜炎， 甚至失明， 應注意保護和預防。
