冷凍方法治療尖銳濕疣主要是使病變組織壞死， 低溫引起組織壞死的機制如下：
機械損傷和細胞損傷
液氮低溫的迅速冷凍， 使細胞內外的水分凝固成冰， 形成的冰晶致使細胞受損；冷凍後冰晶的緩慢液化過程中， 細胞間冰晶先熔化而大量吸收周圍的熱能， 致使細胞內的冰晶再凝固， 形成更大的冰晶， 引起細胞更大損傷；低溫作用下， 細胞內外水分凝固結冰， 致使組織液中的電解質濃度增高， 引起細胞中毒死亡， 低溫使細胞的主要成份脂蛋白複合物變性， 而至細胞破裂、死亡。
冷凍導致微循環障礙和血管損傷
低溫使血管收縮， 血流減慢， 血栓形成， 血管內皮細胞腫脹、壞死， 引起組織缺血、壞死；應用冷凍治療疣、惡性腫瘤時， 可致抗原的釋放和多種細胞活素的形成， 而使遠處損害消退。
冷凍破壞組織
致冷物質的溫度越低， 組織破壞越大；冷凍時間越長， 組織破壞越大；冷凍使組織結成冰塊後， 讓其自然溶解， 為一次凍融， 多次凍融對組織破壞的深度及範圍更大。
