臨床上， 很多疾病與腦癱症狀有相似之處。 例如：進行性肌營養不良、小兒麻痹症、先天性肌弛緩、進行性脊肌萎縮症、狹顱症、腦積水、腦畸形、腦瘤等， 但是它們在本質上是不同的。 它們的鑒別要點如下：
進行性肌營養不良症。 指肌肉處於一種逐年逐月變得無力的狀況。 這種患兒占癱瘓兒童的2.86%左右， 大多由遺傳因素造成， 常常在3～5 歲時出現早期症狀， 動作顯得笨拙、遲緩， 或由於腳無法放平而開始踮著腳走路， 易摔跤。 隨後幾年內， 病情逐漸惡化， 出現肌肉無力， 最終變得無法行走， 亦會出現關節的攣縮或畸形等。
小兒麻痹症。 主要是由於病毒感染所致， 發病年齡主要是在8～24個月的嬰兒， 發生癱瘓的肢體多見於下肢， 其膝腱反射或其他腱反射皆減弱或消失。 此種癱瘓表現為弛緩型。 另外此症一般不影響患兒的智力、思維、感覺系統， 亦不會加重。
先天性肌弛緩。 患兒生後即有明顯的肌力低下、無力、深反射減弱或消失。 平時常易併發呼吸道感染。 本病有時誤診為肌張力低下型腦性癱瘓， 但後者腱反射一般能引出。
進行性脊肌萎縮症。 嬰兒型脊肌萎縮症， 于嬰兒期起病， 肌無力呈進行性加重， 肌肉萎縮明顯， 腱反射減退或消失，
腦發育畸形。 腦容易發生種種畸形， 也可和顏面、臟器等畸形屏時發生。 其中， 狹顱症患兒的頭顱比同齡兒小， 大腦亦相應小， 表現為重度智力低下和痙攣型四時癱 並常常併發癲癇。 腦畸形通常以智慧低下為主， 時而併發腦性癱瘓， 通過CT可以確診。
