影響癲癇預後及復發還有一個的重要因素， 即病因。 有明確病因的遲發症狀性發作比未發現病因的發作更容易復發。 但部分學者認為， 病因學對預後的意義有限， 病因明確或不明確與預後之間無明顯關係。
（1）腦外傷引發的癲癇中， 較輕的頭部外傷後數分鐘內只出現一次癲癇發作， 以後不再發作的癲癇預後最佳。 外傷後只發作幾次的病人， 預後良好。 嚴重的腦外傷（顱內出血， 腦挫傷， 硬膜撕裂， 記憶或意識喪失超過24小時）的症狀性癲癇預後不佳。 由火器穿通傷引起的癲癇是復發危險性最高的外傷後癲癇。
（2）腦炎的急性期常伴有不同程度的癲癇發作， 部分腦炎病人痊癒後也可出現癲癇發作。 一般病人服用抗癲癇藥物均可控制發作， 預後比較好。 但嚴重腦炎後遺症伴有頻繁癲癇發作者預後不理想。
（3）良性腦腫瘤如腦膜瘤誘發的癲癇， 如能將原發灶切除， 預後良好；而潛在惡性的腫瘤如神經膠質細胞瘤由於腫瘤本身復發率高， 癲癇發作也不易控制。 另一方面， 即使腫瘤被根除， 但由於手術遺留的瘢痕仍可成為致灶。
（4）腦血管病引起的癲癇的預後問題， 長期隨訪報導較少。 一般認為， 晚期發作者抗癲癇治療較易於控制， 約60%的患者可完全緩解， 且復發率也低。 而卒中急性期併發癲癇對於患者的生命健康是不利的，
（5） 50%～70%的腦囊蟲病人有癲癇發作， 其預後關鍵在於抗囊蟲治療。
（6）由於分娩時或出生後因素致病者， 即伴有器質性腦損傷， 如腦出血、先天性腦發育不全、大腦癱及精神缺陷等， 其預後不良。 某些先天性疾病， 如結節性硬化症、腦面血管瘤病、神經纖維瘤病等， 預後也差。
