醫學目前對原發性三叉神經痛的病因仍不清楚， 常見有以下幾種學說：
血管壓迫學說
腦底動脈和小腦上動脈對三叉神經根的壓迫是引起疼痛的重要原因， 也是三叉神經痛的最常見原因;也有人提出， 由於頸內動脈管的骨頂結締組織所代替， 造成半月神經節腹面與搏動的動脈長期密切接觸使其受壓而產生三叉神經痛。
骨性壓迫學說
有學者提出， 三叉神經痛是由於三叉神經根受到岩骨脊的壓迫所致。 研究發現， 三叉神經痛多發生於絕經期後的女性， 可能因其骨質疏鬆， 顱骨脫鈣， 逐步發生顱底陷入。
缺血學說
因三叉神經痛多見50歲以上的中老年人， 且易合併動脈粥樣硬化及腦缺血。 故有人提出， 三叉神經痛系三叉神經節的神經細胞因反復發作性缺血而致。
中樞病原學說
有學者把三叉神經痛解釋為丘腦症候群， 類似癲癇發作。 病灶並不在三叉神經根、半月神經節或周圍支上， 而是由於丘腦—皮層機能障礙和脊髓三叉神經核團異常引起的。
其他學說
有人認為三叉神經痛是病灶性或病毒感染所致， 故提出感染學說;還有人提出因大多數患者胃酸減低， 蛋白質消化不良， 產生組織胺或類組織胺物質， 使三叉神經過敏性水腫而致三叉神經痛的變態反應學說;還有人認為三叉神經痛有家族性傾向，
