外用治療也是灰指甲常用的治療方法， 根據藥劑不同， 主要有浸泡、局部塗藥和封包削治療方法。 在使用外用治療前， 灰指甲患者需先用小利刀刮除鬆脆病甲， 或挫薄增厚的病甲。
封包法
治療甲癬的最好方法是藥物封包法， 選用10%水楊酸軟膏、複方苯甲酸軟膏或20%~40%尿素乳膏塗在病甲上（周圍皮膚用膠布保護好）， 病甲用塑膠薄膜和紗布包3層1~2日更換1次， 連續1~2周。 此時， 如甲板軟化， 可以0. 02%高錳酸鉀溶液浸泡， 並用刀片剝削使病甲剝離；如甲板可被移動， 將甲板從甲床上提起， 然後在遠端甲皺處將其異常部分的甲割去。
外塗法
外塗法的常用藥物有巴特芬（環吡酮C）， 8%溶液， 2.5克／瓶；達克甯（硝酸咪康唑）， 2%散劑， 20克／瓶， 乳膏15克／支；阿莫羅芬（羅每樂， 高德美）， 5%甲塗抹劑， 2.5~5毫升／瓶。 每週1~2次。 指甲真菌病療程6個月。
浸泡法
較為適用的方法是浸泡法。 先用10%醋酸溶液浸泡病足30分鐘， 將增厚的病甲削薄， 甲板外周先塗凡士林保護甲溝， 然後用30%冰醋酸溶液， 或將3%、5%的乳酸碘酊塗在病甲上， 每日1次， 連續3~6個月。
採取手足局部整體浸泡的方法進行治療（一般需浸泡整個甲板）， 目的是使藥物強力滲透至甲板深部及皮膚角質層， 徹底殺滅寄生在甲板角質內， 以及周圍皮膚角質層內所有的真菌， 使灰指（趾）甲得到整體治療而根治，
注：藥物劑量需諮詢藥師或醫師。
