藥物具有治療作用和毒副作用兩重性， 利用前者、避免後者是選藥組方的基本原則。 後者就是用藥禁忌的問題， 包括配伍禁忌、妊娠禁忌等內容。
配伍禁忌
中藥“七情”中的“相惡”和“相反”的配伍關係， 均屬用藥禁忌。 有關反藥的內容， 歷代古籍中記載並不一致， 被後世公認並影響較大的是金元時期概括的“十九畏”和“十八反”：
十九畏 硫黃畏樸硝， 水銀畏砒霜， 狼毒畏密陀僧， 巴豆畏牽牛， 丁香畏郁金， 川烏、草烏畏犀角， 牙硝畏三棱， 官桂畏石脂， 人參畏五靈脂。
十八反 甘草反甘遂、大戟、海藻、芫花;烏頭反貝母、瓜蔞、半夏、白蘞、白及;藜蘆反人參、沙參、丹參、玄參、細辛、芍藥。
其中“十九畏”的“畏”， 與“七情”之一的“相畏”， 涵義並不相同。
“十九畏”和“十八反”諸藥， 有部分同實際應用有些出入， 歷代醫家也有所論及， 並引古方為據， 證明某些藥物仍然可以合用。 如感應丸中的巴豆與牽牛同用;甘遂半夏湯以甘草同甘遂並列;散腫潰堅湯、海藻玉壺湯等均合用甘草和海藻;十香返魂丹是將丁香、郁金同用;大活絡丹烏頭與犀角同用等等。 現代這方面的研究工作做得不多， 有些實驗研究初步表明， 如甘草、甘遂兩種藥合用時， 毒性的大小主要取決於甘草的用量比例， 甘草的劑量若相等或大於甘遂， 毒性較大;又如貝母和半夏分別與烏頭配伍， 未見明顯的增強毒性。
妊娠禁忌 某些藥物具有損害胎元以致墮胎的副作用， 所以應該作為妊娠禁忌的藥物。 根據藥物對於胎元損害程度的不同， 一般可分為禁用與慎用二類。 禁用的大多是毒性較強， 或藥性猛烈的藥物， 如巴豆、牽牛、大戟、斑蝥、商陸、麝香、三棱、莪術、水蛭、虻蟲等;慎用的包括通經去瘀、行氣破滯， 以及辛熱等藥物， 如桃仁、紅花、大黃、枳實、附子、乾薑、肉桂等。
凡禁用的藥物， 絕對不能使用;慎用的藥物，
服藥時的飲食禁忌 飲食禁忌簡稱食忌， 也就是通常所說的忌口。 在古代文獻上有常山忌蔥;地黃、何首烏忌蔥、蒜、蘿蔔;薄荷忌鱉肉;茯苓忌醋;鱉甲忌莧菜， 以及蜜反生蔥等記載。 這說明服用某些藥時不可同吃某些食物。 另外， 由於疾病的關係， 在服藥期間， 凡屬生冷、粘膩、腥臭等不易消化及有特殊刺激性的食物， 都應根據需要予以避免。 高燒患者還應忌油。
