絕大多數腎囊腫並無症狀。 體格檢查多為正常， 偶于腎區可觸及或叩及一包塊。 若囊腫發生感染時， 脅腹部可有壓痛。 囊腫巨大時， 在腰腹部可出現包塊。 部分患者可因囊腫本身及囊內壓力增高、感染等而出現以下病狀：
1、腰、腹部不適或疼痛：
其原因是由於腎臟腫大和擴張， 使腎包膜[2]張力增大， 腎蒂受到牽拉， 或者使鄰近器官受壓引起。 另外， 腎臟多囊導致腎臟含水量大， 變得沉重， 下墜牽拉， 也會引起腰部疼痛。 疼痛的特點為隱痛、鈍痛， 固定於一側或雙側， 向下部及腰背部放射。 如有囊內出血或繼發感染，
2、血尿：
可表現為鏡下血尿或肉眼血尿。 發作呈週期性。 發作時腰痛常加劇， 劇烈運動、創傷、感染可誘發或加重。 出血原因是因為囊壁下方有許多動脈， 由於壓力增加[3]或合併感染， 使囊壁血管因過度牽拉而破裂出血。
3、腹部腫塊：
有時為患者就診的主要原因， 60%～80%的患者可觸及腫大的腎臟。 一般而言， 腎臟愈大， 腎功能愈差。
4、蛋白尿：
一般量不多， 24小時尿內不會超過2g。 多不會發生腎病綜合征。
5、高血壓：
固囊腫壓迫腎臟， 造成腎缺血， 使腎素分泌增多， 引起高血壓。 在腎功能正常時， 已有50%以上患者發生高血壓， 腎功能減退時， 高血壓的發生率更高。
6、腎功能減退：
由於囊腫占位、壓迫，
