對於丙肝病毒陽性者能否進行移植是個熱門的問題。 為此每個移植中心都各執一詞。 臨床上患者的選擇標準及器官移植的類型都具有爭議。
由於丙肝病毒感染失代期肝硬化是肝移植的一個常見適應證。 但在肝移植中, 丙肝病毒感染的復發率很高, 而且可能使移植肝發展成肝硬化。 儘管如此, 與其他移植器官相比較, 肝移植的生存率仍然是很高的。
在腎臟移植中, 因愛滋病毒感染導致肝功能衰竭常常是移植存活者的一個主要死因。 丙型肝炎病毒還可能與膜增生性腎小球腎炎的發展相關,
腎移植合併HCV感染患者不提倡用INF-2, 因為有增加潛在的移植物功能不良及移植物效果不佳的危險。