據報告, 1.5%~10.7%的扁平苔蘚患者有陽性家族史者, 其中姐妹同患病的比例較多, 也有單卵雙胞胎發病的患者, Gibstine報告了一對單卵雙生姐妹在一周內相繼發生扁平苔癬的事例。
雖然對人類白細胞抗原與扁平苔癬發生的關係尚有爭議, 但是大多數研究發現扁平苔癬與HLA 抗原的位點相關, 據報導相關位點有HIA-A3、As、B7、B8、、A28、B16、BW35、DRI、DQI等抗原陽性頻率顯著高於正常人。
最近Nasa等應用血清學方法和聚合酶鏈式反應技術對105例扁平苔癬患者進行了HLA 位點的分析, 未發現繼發性和黏膜型原發性扁平苔癬與HLA抗原位點有關聯, 而在原發性皮膚型、皮膚黏膜混合型扁平苔癬中HLA-DRl 和DQl出現頻率顯著增高,
所以有關學者認為皮膚型原發性扁平苔癬的發病與遺傳因素有關。 有幾項研究顯示扁平苔癬患者糖耐量降低, 推測部分扁平苔癬病人與糖耐量降低有關, 可能是遺傳素質相關性的結果。