特殊類型偏頭痛是指偏頭痛發作期或頭痛消退後可伴明顯的神經功能缺損。 常見的有以下6種：
基底型偏頭痛
多見於兒童和青春期女性， 患者出現頭重腳輕、眩暈、複視、眼球震顫、耳鳴、構音障礙、雙側肢體麻木及無力、共濟失調、意識改變、跌倒發作和黑矇等腦幹和枕葉症狀， 提示椎-基底動脈缺血。 多見閃光、暗點、視物模糊、黑矇、視野缺損等視覺先兆， 先兆持續20~30分鐘， 然後出現枕部搏動性頭痛， 常伴噁心、嘔吐。
複雜型偏頭痛
複雜型偏頭痛是指先兆延長的偏頭痛。 症狀與有先兆的偏頭痛相同， 先兆在頭痛發作過程中仍持續存在，
偏頭痛等位症
老年人和兒童可出現反復發作症狀， 如眩暈、嘔吐、腹痛、腹瀉、肢體和關節痛， 不伴頭痛發作。
偏癱型偏頭痛
此型偏頭痛臨床上比較少見， 多在兒童期發病。 偏癱可為偏頭痛先兆， 單獨發生， 亦可伴偏側麻木、失語， 偏頭痛消退後偏癱持續10分鐘至數周不等。 可分為家族型和散發型。
眼肌麻痹型偏頭痛
此型偏頭痛臨床上比較少見。 偏頭痛發作時或發作後頭痛消退之際， 頭痛側出現眼肌癱瘓， 動眼神經最常見， 可同時累及滑車和外展神經， 持續數小時至數周。
晚髮型偏頭痛
多見於45歲以上的患者， 發作性頭痛可伴反復發作的偏癱、麻木、失語或構音障礙等，
