血液檢查:可發現是否存在貧血或感染的跡象。 克羅恩病近來, 不少歐美研究報導, 某些自身抗體的檢測可有助於鑒別潰瘍性結腸炎與克羅恩病, 但其診斷價值在亞洲患者中尚待進一步證實。
結腸鏡檢查:利用結腸鏡作全結腸及回腸末段檢查, 是診斷克羅恩病最敏感的檢查方法。 這一檢查的風險主要為腸穿孔和出血。
鋇劑灌腸檢查:這一檢查不如結腸鏡敏感和可靠, 因此通常並不作為首選的檢查方法, 但可用于不適宜進行結腸鏡檢查的患者。
X線小腸造影:可觀察小腸的病變情況, 有助於確定腸腔狹窄的部位。
CT:可同時觀察整個腸道及其周圍組織的病變情況, 尤其對於腹腔膿腫等併發症有重要的診斷價值。