肛瘺到底是什麼原因引起的呢？現代醫學認為， 肛瘺的病因主要是細菌感染。 細菌以大腸桿菌、結核桿菌、變形桿菌為主。 細菌侵犯的部位是肛隱窩、肛門腺導管和肛門腺體。 肛門腺感染、化膿， 形成肛周膿腫， 自然破潰， 或經手術切開排膿後．膿腫壁由結締組織和肉芽組織增生、縮窄成管狀， 外口縮小， 內口繼續感染， 不能自愈， 即成肛瘺。 膿腫破潰或切開引流後， 常不能治癒。 常見以下原因：
1.內口的存在：膿腫雖然破潰或已切開引流， 但原發感染源， 肛竇炎或肛腺感染仍可繼續存在， 腸腔內容物也可從內口繼續進入瘺管。
2．肛門部不能靜養。 膿腔不易粘合：排糞、排尿時， 因括約肌收縮或因炎症刺激肛門括約肌， 使肛門括約肌經常處於痙攣狀態。
3．腸腔中的糞便、腸液和氣體繼續進入瘺管， 刺激管壁， 使管壁結締組織增生變厚， 管腔難以閉合。
4．膿腔引流不暢， 或外口縮小， 時閉時潰．膿液蓄積腔內， 導致膿腫再發， 並穿破而形成新的支管或竇道。
5．管道多在不同高度穿插過肛門括約肌。 括約肌收縮阻礙膿液排出， 以致引流不暢。 除此之外， 結核、克隆氏病、潰瘍性結腸炎、肛管或者腸癌和腹股溝淋巴肉芽腫等， 也是形成肛瘺的病因。
目前多按肛管與括約肌的關係將肛瘺分為4類：
1.括約肌間肛瘺 多為低位肛瘺， 最常見， 約占70%， 為肛管周圍膿腫的後果。
2.經括約肌肛瘺 可以為低位元或高位肛瘺， 約占25%， 為坐骨直腸窩膿腫的後果。 瘺管穿過內括約肌、外括約肌淺部和深部之間， 外口常有數個， 並有支管互相溝通。 外口距肛緣較近， 約5cm左右， 少數瘺管向上穿過肛提肌到直腸旁結締組織內， 形成骨盆直腸瘺。
3.括約肌上肛瘺 為高位肛瘺， 少見， 占5%。 瘺管向上穿過肛提肌， 然後向下至坐骨直腸窩穿透皮膚。 由於瘺管常累及肛管直腸環， 故治療較困難， 常需分期手術。
4.括約肌外肛瘺 最少見， 占1%， 為骨盆直腸膿腫合併坐骨直腸窩膿腫的後果。
如肛管左右側均有外口， 應考慮為“蹄鐵型”肛瘺。 這是一種特殊型的貫通括約肌肛瘺， 也是一種高位彎型肛瘺， 瘺管圍繞肛管， 由一側坐骨直腸窩通到對側， 成為半環型， 如蹄鐵狀故名。 在齒線附近有一內口， 而外口數目可多個， 分散在肛門左右兩側， 其中有許多支管， 向周圍蔓延。 蹄鐵型肛瘺又分為前蹄鐵型和後蹄鐵型兩種。 後者多見， 因肛管後部組織比前部疏鬆， 感染容易蔓延。
