肛瘺有原發性內口、瘺管、支管和繼發性外口。 內口即感染源的入口， 多在肛竇內及其附近， 後正中線的兩側多見， 但也可在直腸下部或肛管的任何部位。 瘺管有直有彎， 少數有分支。 外口即膿腫潰破處或切開引流的部位， 多位於肛管周圍皮膚外， 由於原發病灶不斷經內口進入管道， 加之管道迂曲行走於內、外括約肌附近， 管壁由纖維組織構成， 管內有肉芽組織， 故經久不愈。
一般單純性肛瘺只有一個內口和一個外口， 這類最多見。 若外口暫時封閉， 局部引流不暢， 則又逐漸發生紅腫， 再將形成膿腫，
肛瘺的病理表現有外口、瘺管、支管、內口組成。
①外口：是肛門周圍膿腫破潰或切開的口， 在肛門周圍的皮膚上， 多數距肌門約2～3cm。 其距肛門遠近不定， 數目不一， 可凹陷， 也可突起；可伴有肉芽組織， 紅紫色， 潛行性邊緣， 形狀整齊， 且外口較大者多為結核性瘺管。
②瘺管：連接內口與外口的管道， 形狀各異， 可有一個， 也可有多個分支。
③支管：主瘺管引流不暢， 或反復感染， 均可發生很多支管。 探清支管對手術效果極為重要。
④內口：是肛門感染形成肛門周圍膿腫的入口， 多數在肛竇附近， 80%在肛管後正中線兩側的肛竇發生。 由坐骨直腸窩和肛門部來的血管， 在肛管後方正中線兩側進入直腸， 感染常沿血管周圍蔓延， 因此， 內口多在肛管後部中線兩側。
