中西藥聯合應用不當時也會產生不良反應， 出現現毒副作用而影響臨床療效。 在中西藥並用， 或中西藥在一日之內交替使用時， 都必須嚴枰格掌屋中西藥的配伍禁忌。
1、形成難溶性物質：
如四環素族及異煙肼等能與石膏、海螵蛸、石決明、龍骨、牡蠣、瓦楞子等所含鈣、鎂、鐵、鋁等離子產生反應， 生成難溶于水的絡合物， 影響前者的吸收， 從而降低療效。
2、影響藥物的分佈與排泄：
如磺胺類藥物與富含有機酸的烏梅、蒲公英、五味子、山楂等同用， 可致磺胺在尿中形成結晶；這類中藥還可增加呋喃妥因、利福平、阿司匹林、消炎痛等藥在腎臟的重吸收，
3、抑制酶活性：
砷可與酶結合形成不溶化的沉澱而使酶失活， 故酶類西藥如胃蛋白酶、多酶片、乳酶終生、澱粉酶、胰酶等不能與含砷中成藥六神丸、牛黃解毒丸、小兒奇應丸、解毒消炎丸等合用。
4、酸堿中和：
如山楂、山茱萸、五味子及烏梅丸、山楂丸、保和丸、六味地黃丸等酸性中藥不應與氨茶鹼、碳酸氫鈉、胃舒平等鹼性藥合用， 兩者療效均受影響。
5、產生毒性反應：
如含汞的朱砂安神丸、六神丸、人丹、七厘散、紫雪丹、蘇合千香丸、冠心蘇合丸等， 不能與溴化鉀、溴化鈉、碘化鉀、碘化鈉、硫酸亞鐵等同服， 因可發生還原反應， 生成有毒的溴化汞、硫化汞、碘化汞等。