由於扁桃體地處咽喉要衝， 與外界關係密切， 而扁桃體內的溫度、濕度又很適合細菌繁殖， 因此當身體抵抗力降低時很容易為病菌襲擾而發炎。 急性扁桃體炎的主要致病菌是鏈球菌， 症狀常是急性發熱、咽痛明顯， 吞咽時疼痛加重並可放射至耳部。 檢查可見咽部充血， 扁桃體腫大且有膿點。
在兒童， 急性扁桃體炎發病率很高， 尤其在3～4歲以後少年兒童及青年較為多見， 50歲以後因扁桃體萎縮， 則炎症少見。 扁桃體炎也與季節有關， 如冬春季節， 天氣變化無常， 兒童容易受涼、感冒，
扁桃體急性發炎時， 採用青黴素類抗革蘭氏陽性細菌抗生素或消炎藥物， 治療效果很好。 加上適當的休息， 注意營養， 一般在1周左右就可恢復正常。
如果炎症反復發作， 則可轉化成慢性。 慢性扁桃體炎的症狀不很明顯， 主要是咽痛。 咽幹、咽部不適、有口臭等表現。 由於炎症的原因扁桃體常常比較肥大， 但也有少數扁桃體萎縮而仍有慢性炎症者， 並常合併伴有慢性咽炎。 檢查可見扁桃體表面充暗紅色血、表面有瘢痕、及粘連、凹凸不平， 齶舌弓亦可有慢性充血， 有時頜下淋巴結也可腫大。 慢性扁桃體炎也可用抗菌消炎藥物， 如反復急性發作， 則需要施行手術切除，
扁桃體炎症可引起各種併發症， 如中耳炎、鼻竇炎、風濕熱、腎小球腎炎、風濕性心臟病、風濕性關節炎等多種疾病， 導致心臟、腎臟、關節等方面的嚴重損害。
