丙肝患者在應用IFNα進行抗病毒治療期間的藥物不良反應較多， 如流感樣症候群、骨髓抑制、產生自身抗體、抑鬱等， 用藥期間應密切觀察並及時處理。
1、流感樣症候群：丙肝患者在出現發熱、寒戰、頭痛、肌肉酸痛、乏力等流感樣症候群的時候可在睡前注射IFNα， 必要時聯合應用非甾體類消炎鎮痛藥， 有助於減輕症狀。
2、骨髓抑制：丙肝患者應用抗病毒藥物後可出現一過性骨髓抑制， 當中性粒細胞數≤0.75×109/L、血小板性粒細胞明顯降低者可用粒細胞集落刺激因數治療。
3、產生自身抗體：IFNα可誘導產生抗甲狀腺抗體、抗核抗體和抗胰島素抗體，
4、抑鬱：抑鬱是IFNα治療過程中常見的不良反應， 使用IFNα前應評估患者的精神狀況， 治療過程中如出現抑鬱傾向， 可適當給予抗抑鬱藥， 症狀嚴重者， 應及時停用IFNα。
此外， 抗病毒藥物還可以引起腎臟損害、心血管併發症、視網膜病變、聽力下降和間質性肺炎等， 一旦出現應立即停藥並進行治療。
