目前研究角度來說， 三叉神經痛病因不明， 但目前提出幾種學說可能與三叉神經痛有關。
1、短路學說：認為神經髓鞘崩解可能引起相鄰兩纖維之間發生“短路”， 輕微的觸覺刺激即可通過“短路”傳入中樞， 而中樞傳出衝動也可再通過“短路”成為傳出衝動， 達到痛覺神經元的閾值而引起疼痛。
2、脫髓鞘學說：三叉神經感覺根或半月節或三叉神經周圍支受到壓迫或損害發生脫髓鞘性變；如解剖結構異常， 血管畸形、骨孔壓骨膜炎症、動脈硬化等。 部分神經髓鞘脫離使原來神經束的抑制作用減弱或消失，
3、腦血管微型障礙：認為三叉神經痛與腦血管及腦組織畸形有關。
4、腦幹三叉神經束核和感覺核的異常興奮性放電也可能為引起三叉神經痛的原因。
5、極少部分由顱內腫瘤壓迫三叉神經引起疼痛， 見於繼發性三叉神經痛（即症狀性三叉神經痛）， 尤其以青年患者多見。
6、毒感染學說如帶狀皰疹易累及三叉神經第一支引起疼痛。
7、其它：遺傳學說、頸神經學說、變態反應學說等等。
二、三叉神經痛的病理
三叉神經感覺根切斷術活檢發現神經節細胞消失， 神經纖維脫髓鞘或髓鞘增厚， 軸索變細或消失。 部分患者可發現顱後窩異常小血管團壓迫三叉神經根或延髓外側。
