強直性脊柱炎應與腰椎炎症、椎間盤病變、彌漫性特發性骨質增生症鑒別、脊柱骨軟骨病和脊髓腫瘤所引起的腰痛相鑒別, 還應與幼年變形骨軟骨病及先天性髖關節脫位引起的髖關節及大腿疼痛相鑒別。 早期, 尤以外周關節炎為首發症狀者應與類風濕關節炎鑒別, 還應與其他脊柱關節病鑒別。
同時, 潰瘍性結腸炎、限局性小腸炎、銀屑病關節炎及瑞特綜合征可合併脊柱炎, 但上述各病除脊柱炎外還具有本身的臨床特點可以鑒別。
晚起病的強直性脊柱炎起病時脊柱症狀輕或缺如, 發生關節炎關節數目少且輕, 血沉增快, 可有下肢凹陷性水腫, 應與血清陰性滑膜炎鑒別。 後者常見於50歲以後人群, 但預後良好。 晚起病的強直性脊柱炎, 則數年後出現骶髂關節炎和脊柱受累, 且非甾體抗炎藥療效不佳。