根據病原， 牡蠣的常見疾病， 大致可分為病毒病、細菌病、真菌病等。 最常見和危害最大的病毒性疾病是牡蠣面盤病毒， 該病主要發生在太平洋牡蠣中， 每年的3~6月幼牡蠣損失大於50%， 波及牡蠣體的邊膜及卵的孵化， 使死亡率增高。 感染面盤病毒的牡蠣缺乏活力， 內臟團縮入瓣膜內， 牡蠣細菌病中最常見的致病因數是弧菌， 感染弧菌的牡蠣發生全身性組織潰瘍， 養殖水體中見幼體缺乏活力， 下沉以至死亡。 光鏡觀察表明， 病體內有大量上述細菌， 異常的面盤、潰瘍甚而崩解的組織。 真菌病的病原為海洋動物離壺菌，
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