早在西周時期人們對艾草就有了認知， 《詩經》載有：“彼采艾兮， 一日不見， 如三秋兮。 ”但當時是將其作為祭祀之物來用的， 後來才發現了其藥用價值， 《孟子》中有“七年之病， 求三年之艾”的記述， 大意是多年的陳艾可以治癒那些時間長的頑病。
到了兩漢、兩晉， 艾草入藥更多地出現在藥典古籍中， 東晉葛洪在《肘後備急方》中給出了具體的預防瘟疫的方法：“以艾灸病人床四角， 各一壯， 令不相染。 ”《本草綱目》載：“艾以葉入藥……通十二經、具回陽、理氣血、逐濕寒、止血安胎等功效， 亦常用於針灸。 ”因為這棵普通的小草具有這般神奇的力量被稱為“醫草”。
不少國家對中醫藥的瞭解是從針灸開始的， 在國際上針灸也在相當程度上代表了中醫藥。 《本草從新》說：“艾葉苦辛， 生溫， 熟熱， 純陽之性， 能回垂絕之陽……以之灸火， 能透諸經而除百病。 ”這段話闡述了這樣一個重要事實：要保證針灸中的“灸”的療效就離不開艾草——“灸”其實就是利用艾絨來點燃了放到穴位上進行治療， 離開艾草就難以達到“灸”的效果， 這直觀地體現了艾草的特殊價值。
中醫認為艾草苦燥辛散， 能“理氣血、溫經脈、逐寒濕、止冷痛， 為婦科要藥。 ”《本草綱目》也載：“艾葉能灸百病。 ”這與現代科學研究發現的相一致：艾草裡含有一種天然香味的芳香油， 具有消毒、殺菌的作用， 有平喘、鎮咳、祛痰功效；可以止血凝血、護肝利膽以及抗過敏等。
除了在藥學理論上的論述之外， 艾草在現實生活中的用處也很多。 艾葉被鄉村醫生視為低廉易取、可避邪防疫、驅蚊治病、抗菌抗病毒的藥物， 常被用來預防瘟疫等流行性疾病。 艾葉煮水可以治療疥瘡等皮膚病， 祛濕止癢；熏洗皮膚可以治療濕疹， 減輕瘙癢；艾草洗浴可以美容健體， 促進氣血流通， 改善新陳代謝；盛夏在室外乘涼或野外過夜， 可以點燃艾草熏蚊驅蠅。 有人利用艾草保健養生的特點， 將艾草洗淨曬乾做成枕芯， 既防蚊蟲又防疾病。
中醫講究藥食同源， 艾草含有較高的礦物質、蛋白質、維生素等， 是一種具有較高營養價值的食材， 既可以做成青團、糍粑、炒飯、餃子， 也可以用來泡茶、入菜、做湯、煲粥等，
許多地方都有端午節在門前掛艾草、用艾葉煮雞蛋的習俗， 這並不是迷信， 而是一種經驗的總結。 這個時段艾草藥性最好， 掛在門前可以避邪（瘟疫）驅蚊趕蟲， 艾草煮雞蛋可使眼睛明亮、少患眼病。 正是在這一年又一年的習俗中， 中醫藥得到了發揚傳承。
