引起移植排斥的抗原為移植抗原， 即組織相容性抗原、是移植排斥的分子基礎。 其中， 能引起較強排斥反應的組織相容性抗原稱為主要組織相容性抗原;引起較弱排斥反應的組織相容性抗原稱為次要組織相容性抗原。 移植成功的關鍵即取決於供、受者間組織容性抗原是否一致或相近。
移植術後， 受者t細胞通過直接和間接兩條途徑識別移植物上的同種異型mhc抗原， 發動免疫應答。
移植物血管內或組織中的供者白細胞主要是樹突狀細胞， 可從移植物中移出並進入受者體內， 通過直接識別途徑，
在間接識別途徑中， 受者的apc對供者的mhc抗原進行加工、處理並將其提呈給受者t細胞， 使之活化， 引起排斥反應。 參與意識識別的t細胞又被稱為自身mhc限制性t細胞。
受者cd4+t細胞和cd8+t細胞是參與同種移植排斥反應的主要細胞。 cd4+t細胞主要識別mhc類分子+apc所提呈的抗原;cd8+t細胞主要識別mhc-類分子+apc所提呈的抗原。
