剛剛接受完器官移植手術的患者， 通常身體都很虛弱， 並可能佩戴監護設備、各種侵入性導管、服用大量免疫抑制劑等， 所以感染隨時都會發生。 器官移植後早期患者感染的風險最大， 雖然隨著時間的推移， 風險會逐步降低， 但感染仍然是器官移植人群的主要致死原因。
由於器官移植患者術前即存在器官功能不全， 手術創傷大， 術後需要常規應用免疫抑制藥物治療， 術後早期容易發生感染性併發症和手術技術相關性併發症。 近年來， 隨著手術技術和圍手術期治療水準的提高， 術後早期併發症發生率和死亡率已經顯著下降。
排斥反應是器官移植患者需要終生警惕的問題。 目前臨床上常規應用免疫抑制藥物進行預防。 術後早期是排斥反應的高發時間， 常需聯合應用大劑量免疫抑制藥物進行預防， 隨著移植術後時間的延長， 排斥反應的發生風險逐漸降低， 可以逐步降低免疫抑制程度。 依據移植物種類不同， 移植術後的免疫抑制方案也存在較大差異， 其中肝臟移植術後排斥反應的發生率較低、程度也較輕， 因而術後應用的免疫抑制藥物劑量也最小。 對於急性排斥反應， 可以採取激素衝擊和增加免疫抑制藥物濃度等方法進行治療， 而對於慢性排斥反應， 目前尚缺乏有效的逆轉措施， 主要以預防為主。
由於長期應用免疫抑制藥物， 器官移植受者容易罹患移植術後新發腫瘤、移植術後新發糖尿病、高脂血症、高尿酸血症、心腦血管疾病等併發症。 移植術後患者需定期門診隨訪檢查， 以期早期發現和治療上述併發症。
