這種囊腫雖然很少發生惡變， 但由於它可以逐漸增大， 有時會在經期或經後發生破裂， 同樣是非常危險的， 而且還可能會導致女性不孕不育， 所以一定要積極配合治療， 病原體致病除環境條件外， 同人體的抵抗力有關， 免疫功能正常的機體， 入侵的病原體可被消滅， 而不出現病狀， 由此可見， 巧克力囊腫不具備傳染性， 不會傳染!
可採用藥物或手術治療。 迄今為止， 除根治性手術外， 尚無一種理想的根治方法。 無論是藥物治療抑或保守性乎術均有相當高的復發率。 因此， 應根據患者年齡、症狀、體征、病變範圍以及對生育要求等加以選擇，
腹腔鏡手術是本病最佳處理方法。 目前認為以腹腔鏡確診、手術+藥物為內異症治療的金標準。 有條件的醫院， 腹腔鏡手術應為內異症的首選治療方法。 但腹腔鏡手術的選擇及效果在很大程度取決於設備、器械和手術者的經驗及技巧。 開腹手術可用於腹腔鏡條件不具備或非常複雜的手術， 如嚴重粘連和有多次手術史者。
巧克力囊腫是不會傳染的， 但同樣要注意積極治療， 因為這種囊腫可以逐漸增大， 有時會在經期或經後發生破裂， 但很少發生惡變。
可採用藥物或手術治療。 迄今為止， 除根治性手術外， 尚無一種理想的根治方法。 無論是藥物治療抑或保守性乎術均有相當高的復發率。
