根據疼痛發作的特點和部位， 不難作出本病的臨床診斷。 有疑問時可用 4% 可卡因塗布咽部， 如疼痛緩解， 對本病確診則有意義。 據統計， 可卡因試驗的正確率為 89.6% 。 結果陰性者， 如臨床症狀典型， 不能除外本病的診斷。
1 ．三叉神經痛：三叉神經第 Ⅲ 支痛易與舌咽神經痛混淆。 但三叉神經痛時， 疼痛部位在舌前部而非舌根， 通常累及下頜神經的分佈區， 不向外耳道放射， 疼痛觸發點在下唇、頰部或舌尖等處。 必要時可做可卡因試驗或用普魯卡因局部封閉三叉神經第 Ⅲ 支，
2 ．喉上神經痛：喉上神經乃迷走神經的分支。 該神經疼痛可單獨存在， 也可與舌咽神經痛伴發。 疼痛發作常起自一側的喉部， 該處常有顯著壓痛， 如在該區行局麻， 往往疼痛暫獲緩解， 可以鑒別。
3 ．中間神經痛：為一側耳部劇痛， 發作時間較長， 常伴外耳道或耳廓皰疹， 有時可引起周圍性面癱。 各別不典型者僅表現為耳痛， 與單純表現為耳痛的舌咽神經痛不易區別。
4 ．繼發性舌咽神經痛：疼痛常為持續性， 有陣發性加重， 無觸發點。 檢查中可見患側有某種舌咽神經功能障礙（如舌咽部感覺和舌後部味覺減退、咽反射遲鈍、軟鄂運動無力等）或其他陽性神經體征， 以及有局部病變發現（如鼻咽部腫瘤）， 必要時可作特殊輔助檢查，
