難治性癲癇綜合征， 如嬰兒痙攣症、顳葉內側癲癇綜合症等， 這與病人的遺傳和代謝有相當大的關係。 或嚴重的癲癇導致顱內某些結構如海馬、杏仁核等的異常而導致癲癇難治。
難治性癲癇就是常規治療效果不好的癲癇， 泛指抗癲癇藥物不能完全控制痼性發作的患者。 特殊病因引起的症狀性癲癇， 如發育異常、腦腫瘤、腦外傷、腦血管病、各種代謝性疾病、缺氧、感染、寄生蟲。 這是因為顱內異常病灶的持續存在， 導致癲癇灶異常放電不能用藥物消除， 藥物無法控制癲癇而成為難治。
難治性癲癇的出現有一部分是由於醫治不當或人為因素造成，
一是醫師指導不力、失誤或患者不能夠積極配合， 導致一些患者發作了就吃藥， 不發作了就停藥， 吃吃停停， 不正規系統的治療， 使本來有效的藥物也變成無效， 最後造成難治性癲癇；
二是服用藥物成分不明的藥， 沒有國家批准文號的藥， 看象中藥或中成藥， 裡面摻雜有多種西藥， 不按用藥規範辦事， 成分交叉， 重複用藥， 給以後的藥物調整帶來困難， 造成難治性癲癇；
三是聽信偏方、秘方及江湖遊醫的誤導， 延誤了有效的治療， 造成癲癇反復發作， 對腦的傷害不斷加重， 產生了精神和智能的障礙， 形成難治性癲癇。
