衣原體感染能夠引起許多疾患。 其中對泌尿系統的感染常被稱為非淋菌性尿道炎（nongonococcal urethritis， NGU）。 在非淋的病原體檢測中， 沙眼衣原體的發現率占到了40%-60%。
衣原體對作用於細胞壁的藥物耐藥， 如青黴素類、萬古黴素、桿菌肽， 對於抑制膜蛋白和胞漿蛋白合成藥物敏感， 如四環素、紅黴素等。
治療方案
首先四環素類， 四環素500mg每日4次， 連服7天， 或用強力黴素100mg每日2次， 連服7日。 對四環素禁用或耐受性差的患者， 可改服紅黴素500mg， 每日4次， 連服7日， 複方新諾明亦有效。
另外近年來新開發的對各領域的感染症廣泛使用的新藥喹諾酮類，
治療中應注意的問題：
（2）從目前臨床觀察來看用喹諾酮類藥物比應用四環素類藥物為好， 因為患者多數有淋球菌或其它合併感染。
（3）治療時間2-3周為宜。 衣原體繁殖週期為48-72小時， 寄生在細胞內， 藥物滲入細胞內的濃度一般較低。 所以治療時間需要長些。
（4）在男女感染後無症狀或症狀輕微者， 可視為帶菌者， 應接受正規治療。 對患者的性伴要同時治療。
（5）聯合用藥：四環素類+喹諾酮類
紅黴素類+喹諾酮類
四環素類+利福平
喹諾酮類+利福平
