牛蒡（尤其是食藥兩用牛蒡）一旦病蟲防治不及時， 會使品質和銷售價格受到影響。 牛蒡的病害主要是白粉病， 在葉片上生出很多， 呈粉黴狀斑， 應在發病初期用20％的粉鏽寧1000倍噴霧。 褐斑病主要發生在土壤表面與根莖相接處， 或在葉片上產生不定型的褐色病斑， 使病苗枯死， 發病初期可用波爾多液200倍噴灑根莖。 在管理過程中還要注意防止土壤濕度過大。
牛蒡的主要害蟲是蚜蟲， 集中在心葉為害， 可用40％的樂果1000倍液噴霧防治， 或用10％的吡蟲啉可濕性粉劑3000倍液噴霧， 即可收到良好的效果。
